Território onde se encontra o atual Município de Três Rios era primitivamente denominado Paraíba Nova.
Sabe-se que em 1597, Martim Corrêa de Sá, filho de Salvador de Sá, passou pela região, utilizando o itinerário marítimo-terrestre, via Parati, para alcançar as "Minas Novas" ou "Minas Gerais", o que em parte, presume-se, contribuiu para seu desbravamento.
Foi entretanto nos primeiros decênios do Século XVIII, segundo crônica da época, que Pedro Dias Paes Leme, continuando a obra de seu pai, Garcia Paes Leme, fez construir, dedicada à Nossa Senhora do Monte Serrat, uma capela em terras do atual Distrito de Afonso Arinos. Mais tarde, ali se instalaria o destacamento efetivo do "Registro", com a missão de impedir o contrabando de ouro e diamante e de arrecadar os direitos reais da "Passagem".
Enquanto essa região era colonizada, outra surgia em consequência da fundação, pelo legendário capitão Tira-Morros, José Antônio Barbosa, de uma fazenda, a que deu o nome de Bemposta.
Em decorrência de sua posição no itinerário da "Estrada Real", que ligava o Rio a Minas, novo núcleo populacional ali se formou. Uma capela foi erguida, tendo São Sebastião de Entre Rios como Padroeiro.
Até antes de 1858, o território do atual Distrito constituía apenas uma colônia dependente da Fazenda de Cantagalo, de propriedade de Antônio Barroso Pereira, 1.º Barão de Entre Rios.
Por essa época, seguindo com a estrada de rodagem Petrópolis-Juiz de Fora, Mariano Procópio adquiriu, do referido barão, 81.840 braças quadradas de terras, construindo a grande e suntuosa Estação de Entre Rios, que mais tarde acolheu a comitiva imperial, quando da inauguração, em 18 de março de 1858, do trecho nas terras do Município, da famosa União e Indústria.

A primeira linha a ser construída pela E. F. Dom Pedro II, que a partir de 1889 passou a se chamar E. F. Central do Brasil, era a espinha dorsal de todo o seu sistema. O primeiro trecho foi entregue em 1858, da estação Dom Pedro II até Belém (Japeri) e daí subiu a serra das Araras, alcançando Barra do Piraí em 1864. Daqui a linha seguiria para Minas Gerais, atingindo Juiz de Fora em 1875. A intenção era atingir o rio São Francisco e dali partir para Belém do Pará. Depois de passar a leste da futura Belo Horizonte, atingindo Pedro Leopoldo em 1895, os trilhos atingiram Pirapora, às margens do São Francisco, em 1910. A ponte ali constrruida foi pouco usada: a estação de Independência, aberta em 1922 do outro lado do rio, foi utilizada por pouco tempo. A própria linha do Centro acabou mudando de direção: entre 1914 e 1926, da estação de Corinto foi construído um ramal para Montes Claros que acabou se tornando o final da linha principal, fazendo com que o antigo trecho final se tornasse o ramal de Pirapora. Em 1948, a linha foi prolongada até Monte Azul, final da linha onde havia a ligação com a V. F. Leste Brasileiro que levava o trem até Salvador.
Apesar de todo o progresso observado na localidade de Entre Rios, apenas em 1890 foi esta elevada à categoria de Distrito, quando Bemposta (com o nome de Nossa Senhora da Conceição Bemposta) e Nossa Senhora de Monte Serrat (atual Afonso Arinos), receberam em 1855 e 1884, respectivamente, predicativos de paróquias ou freguesias e, portanto, de Distritos.
As condições de desenvolvimento propiciaram a emancipação, que ocorreu em 1938, recebendo o Município a denominação de Entre Rios, modificado em 1943 para Três Rios.